陈云对党外民主人士一直非常重视，并与其建立深厚的友谊。他与德高望重的无党派爱国民主人士马寅初（１８８２—１９８２），在新中国成立初期相识，从合作共事到毕生至交，相互尊重，相互支持和帮助，成为党内外人士精诚团结、合作共事、肝胆相照、荣辱与共的典范。
四载共事
新中国成立伊始，陈云出任政务院副总理兼中央财政经济委员会主任，领导和主持全国的财经工作。对于经济界的老前辈马寅初出任中财委副主任，更是欢迎之至。 在工作上，他们互相尊重，密切协作，精诚团结。当时，马老身兼数任，经常奔波于北京、上海、杭州三地，陈云总会及时向他通报重要情况并征求他的意见，令他感动、自豪，更加积极地投身新中国经济建设之中。
在新中国首次发印公债的过程中，作为著名经济学家，马老深知国家发行公债并完成认购任务的重大意义。他不仅积极进行宣传，还亲自在杭州参加街头动员活动，发表演讲，并且带头认购，以自己的实际行动，为新中国的财政经济恢复工作作出了切实的努力。
马老精通英文、德文，粗通法文，为了更深入地学习马列主义的经济学理论，了解社会主义经济领域的情况，他在１９５１年（７０岁）时，决心学习俄文。陈云十分敬佩马老活到老，学到老的好学精神，亲自给马老寻找一位俄文水平高、责任心强的教师。马老用了整整三年的时间，终于不仅可以用俄语进行交谈，还能够阅读俄文原版书报。
陈云也非常支持马老其他方面的工作。１９５１年６月调任北大校长的马老为了让北大师生及时了解我国财经战线的形势和动态，决定利用任中财委副主任之便，请陈云到北大做报告。陈云爽快地答应了，并与马老一起商量报告重点。当马老向陈云请求拨款解决北大基建问题时，陈云当即表示：“尽管国家财政还不富裕，但是支援教育事业义不容辞。”在陈云的关怀下，北大基建经费获得圆满解决。
在合作共事期间，他们建立了真挚深厚革命友谊。这不仅是在工作中，更反映在生活上无微不至的关心。
当时，马老自香港来北京后，一直暂住在北京饭店。饭店的条件虽然不错，但总不是长久之计。陈云便开始通过各种渠道为马老务色住所。考虑到马老家中人口较多，住房一定要宽敞，还要给马老留下会客和工作的地方，质量要好，最好是楼房，周围的环境要清静，并且距中财委办公地点要近。经多方协商，终于找到东城东总部胡同一套很普通的独门独院两层小楼。陈云亲自视察后，还让人把所有房间的地板重新用红漆油饰一新，墙壁也粉刷一遍，配备一些必要的家具，并请花匠在庭院种上花草。陈云听说马老喜欢梅花，特意嘱咐从园林部门找来一株腊梅。
马老迁入新居，面对朴素、宽敞的住房，从心底感谢陈云对他的关心和照顾。住房安顿好了，生活上没有任何后顾之忧，马老可以集中精力，把自己的聪明才智全部投入工作之中，协助陈云把中财委的工作做好。
把马老的住房安顿好了，陈云又考虑如何给马老定级的问题。陈云向周恩来总理请示的时候，主张定得高一些，一方面马老确实是学有专长、富有才干的专家学者，另一方面他担任的中财委副主任的职务，级别也不应定低。最后给马寅初定为行政三级，这是相当正部级中的最高级别。按照其行政级别，给他配备了专用小汽车及司机，还有警卫员、公务员、炊事员等服务人员。
尽管如此，马老当时工资只有一份浙江大学校长薪水，家里人口多，不够开支。1949年12月，陈云替周恩来起草致饶漱石、陈毅、曾山的电报，提出：请研究酌情发给马老一部分津贴或办公费。这更让马老感动不已。
毕生至交
1954年中财委撤销，马老结束了与陈云共事四年的同事生涯，但是，他们由共同的理想和对革命事业的高度责任感所维系着的友情是巩固的，持久的。
马老撰写一些重要论文，发表前大都送呈陈云过目。陈云也总是在百忙之中，抽出时间认真仔细地审阅文稿，并提出自己的修改意见或建议，马老对陈云的意见一般都虚心采纳。在这方面两人配合得十分默契融洽，堪称学术研究史上一对难得的伙伴。
1955年4月，在私营工商业全行业公私合营前，马老经过调查研究，完成了《我国资本主义工业的社会主义改造》这篇重要论文。5月，陈云阅读后，致信马寅初，说这篇文章许多关于政府方面公布过的或讲过的政策都符合实际情况，只建议把“有所不同，一视同仁”的说法，改成“既要有所不同，又要在一些方面一视同仁”，因为不可能在一切方面都一视同仁，加“在一些方面”几个字，更合乎事实，立论更牢靠一些。信中，陈云还认为科研人员与政府工作人员之间的观点“可以不必完全相同”，承认、允许两者之间的差异与区别。足见陈云非常尊重科研工作的独立性。后来，马寅初按照陈云意见作了修改，将文章发表在《北京大学学报》1957年第3期上，并特意加了一个详细说明，使我们对这篇论文的写作过程以及陈云同志的审阅、修改情况，都有了十分明确的了解。
马老分别于1956年12月、1957年5月完成的《联系中国实际来谈谈综合平衡理论和按比例发展规律》、《联系中国实际来再谈谈综合平衡理论和按比例发展规律》两篇重要文章，也是经过陈云审阅和肯定后发表的。马老在这两篇文章中提出了“团团转综合平衡论”，对我国国民经济保持社会主义方向以及既防止右倾保守，又反对盲目冒进，保持持续稳定的发展速度，都有重大意义。
从1953年起，马老又集中精力撰写人口问题的论文。他一个地区一个地区地调查研究，收集、整理完中国的资料之后，又着手研究世界各国的资料。结合古今中外的历史经验和中国的具体实际，终于完成了一篇题为《控制人口与科学研究》的论文。初稿写成后，照例送请陈云过目。陈云看后，大为赞赏，并设法挤出时间约他面谈。会谈中，陈云表示完全同意文章的观点，尽管推行起来可能有种种困难和阻力，但他负责向中央领导吹风，抓住一切机会做解释工作。还表示“如果出现什么问题，你可以随时找我，只要能力所及，一定尽力帮助”。马老被陈云的热心支持所感动。这次谈话，使陈云与马老之间的友谊又深入了一步。
当马寅初的人口论在1955年7月一届人大二次会议上受质疑时，陈云对马的遭遇十分关心，派人给马带去了一个便条，手书“气可鼓而不可泄”。马老深知这七个字的分量，从心底感谢陈云的支持和鼓励。在陈云的努力下，到了1956年，人口问题开始受到应有的重视。1957年6月第一届全国人大第四次会议上，马寅初把几经修改和完善的《新人口论》，作为一项提案提交大会。7月5日，《人民日报》第一版以整版篇幅刊登，赫然醒目的大字标题“新人口论”，受到了国内外舆论界的广泛关注。
马寅初在上世纪50年代所写的一些重要经济理论文章在发表前大多主动送请陈云过目，陈云以认真负责的态度精心审阅，并提出修改的商榷意见。然而，1957年的下半年反右派斗争开始席卷全国。马老也被卷入了这场风暴的危险边缘。而这时，一向敬重、关心、爱护马寅初的陈云由于反冒进问题也被卷入了政治旋涡的中心，陷于被批判、做检讨的被动地位。但他一如既往地关心马寅初的遭遇和处境，设法向毛泽东提出，马寅初的人口理论有合理正确的一面，不应大张旗鼓地在全国范围内进行批判。1960年1月，马寅初被迫辞去北大校长职务。不久，又被罢免了人大常委的职务，只保留了全国政协常委的名义，并被剥夺了发表文章的权利。3月31日，病中的陈云还特意委托陈毅看望“辞官归第”的马寅初。
雨过天晴
陈云一直关心着马老，马老也始终惦记陈云。十年动乱结束后的1978年冬，马寅初在报纸上看到陈云恢复工作的消息，倍感欣慰，立即嘱咐家人代笔给陈云写了一封贺信，称：“陈云同志领导经济工作，有丰富的经验，能实事求是地处理问题。他想得透，看得远，深得民心，四化进程就更快了！”信中还追叙了彼此多年友情，申述思慕缅怀之意。陈云接到马老的信后，非常高兴，于1979年1月2日回了一封亲笔信，信中对马老的诚挚祝贺表示感谢，同时对马老的健康表示关注，请他多加保重，相信历史遗留下来的冤假错案，终究会得到平反昭雪的。
1979年2月，中共中央办公厅信访局接到一封要求为马寅初平反的群众来信。随后，新华社记者经过详细调查和紧张的工作之后，完成了一篇关于马寅初问题的报告。新华社即将这篇对马寅初平反起了极其重要作用的报告，以“绝密级”的内部材料，送到了中南海。1979年6月21日，陈云在这份报告上批示给胡耀邦：“马寅初的问题，应该平反，如何请酌。”胡耀邦当天将报告批请中共中央组织部、统战部商量解决。在陈云的直接过问下，党中央以最快的速度为马寅初平反。7月25日和9月11日，中共北京市委和教育部党组先后作出为马寅初平反的决定和下达任命马寅初为北京大学名誉校长的通知。9月14日，北京大学党委召开会议，为马寅初彻底平反，恢复名誉。
1982年5月10日，马寅初逝世，陈云通过不同方式向其家属表示慰问。1986年5月29日，《马寅初传》出版之际，陈云亲自题写书名，并题词：“坚持真理，严谨治学”，以馈毕生至交好友。（周进）